药剂师面临的道德困境的中心是对潜在危险药物的关注以及某些药物的使用，他们认为这些药物在道德上是令人反感的。这种困境可能极难解决。
宗教信仰
药剂师面临的一个高度报道的道德困境是当他们被要求填写违反其宗教信仰的处方时。例如，一个避孕药的处方 - 一种防止鸡蛋附着在子宫壁上的药丸 - 可能违反了药剂师的宗教信仰。在这些情况下，药剂师可能会选择不填写处方或让另一位药剂师填写处方。但是，他也面临被解雇的可能性。
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一些州，如俄亥俄州，给予药剂师很大的自由来决定他们将填写什么类型的处方。如果药剂师觉得处方药很危险，他可能会面临道德困境。例如，这种情况发生在减肥药的情况下，后者随后被撤出市场。在这种情况下，药剂师可能会选择不填写处方，但他可能会面临罚款或 - 如果他的雇主不同意他的决定 - 纪律处分。
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无害，无伤害的想法有时可能与善行不一致，这种想法对患者有利。这可以在俄勒冈州发挥作用，在那里允许医生协助自杀。如果药物可以用于此目的，药剂师可能会发现自己处于束缚状态。她希望通过帮助结束患者的痛苦来做好事，这可以与她的誓言发生冲突，不会造成伤害。
法律与道德
由于法律的繁文缛节，药剂师有时会陷入道德困境。例如，阿拉巴马州没有合作法，允许药剂师与医生合作制定药物治疗管理计划，由保险公司或医疗保险支付。这意味着当患者被处方许多处方并且不知道它们如何相互作用时，药剂师必须平衡他的帮助患者的愿望以及合法地对抗该生产线的需要。如果没有合作法，他必须非常小心，确保他提供的建议不会超越法律界限，同时仍然以他认为合乎道德的方式帮助患者。
